Za mě rozhodně FreeMind, je to javovská aplikace a občas to dá ráda najevo, ale jinak má mnoho možností, jak mapu nastavit, dovoluje prakticky cokoliv, co se týče vzhledu (libovolné posouvání, šipky z jedné bubliny na úplně jinou), těší mě i export do PDF a SVG.
OneNote je taky supr, ale pokud vim, ...