Zabral příkaz chkdsk /r, ale problém byl v tom, že mi v nouzovém režimu nešel spustit. Musel jsem tedy podle návodu, který je v linku co si poslal, spustit ten příkaz přes bootovací CD Windows. Provedla se kontrola, asi po půl hodině se opravil disk a systém teď naběhne bez problémů.